首先，套装软件后期维护费用高。
目前通常套装软件两种盈利模式，第一种是云平台，给您公司或集团一个总的账号，可以开通子账号，软件按每年每个用户去收费，当然用户越多价格越便宜，重点是第2、3年以此类推依旧是此费用；第二种是部署到自己服务器，软件依旧不开源，您无法修改，对方想关停也是分分钟的事情；而使用定制软件您只需要付一次性的开发费用，第二年只存在一个服务器费用。
其次，软件二次开发难。
套装软件一般是不开源的，试想下，如果开源，你买了这一套源码也可以立即复制卖给其他人，这样是有损软件公司的核心利益的，所以套装软件99%不开源，另外如果使用套装软件，哪怕你有个小的功能调整，对方开的价格也会很高，比如我们公司以前上过一个CRM系统，就修改个客户状态颜色的功能，在我们看来10分钟解决的问题，对方竟然收费500元，所以套装软件前期是便宜，但长期使用会逐渐呈现出它的弊端。
还有，业务需求与软件功能不匹配。
套装软件大而全，很多功能对于企业来说根本用不到，而套装软件不管你是否需要，都会有这个功能，且业务流程得根据套装软件的业务模式走，换句话说，你公司的业务是A→B→C，而套装软件可能是A→C→B，不能符合公司实际业务需求，企业主实际希望的是用软件降低运作成本，而不改变公司业务流程。
再者，随着技术的发展软件开发远没有以前那么昂贵，通过低代码平台，搭积木方式去完成系统搭建如星城软件的顿表平台，根据企业实际需求，快速完成软件定制，减少开发周期和开发费用。